Otázka:
Proč nevybereme náhodný vzorek populace k odhadu množství případů COVID-19?
Nikhil Murali
2020-03-25 21:57:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Aktuální statistiky o počtu případů budou vždy o několik dní pozadu za realitou kvůli době mezi infekcí a testováním, bez příznaků atd. Proč si ale nevzít náhodný vzorek několika tisíc lidí a nevyzkoušet všichni vidět, kolik z nich má virus? Neposkytlo by nám to obrázek o podílu lidí, kteří mají virus?

V nemocnicích v mém státě zbývají 3denní dodávky testovacích souprav a právě jsem obdržel oznámení, že další zásilka, kterou očekávali, bude zpožděna.
Žádné odpovědi v komentářích, prosím.
šest odpovědi:
Fizz
2020-03-25 22:19:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Itálie má 60 milionů lidí a přibližně 70 tisíc (známých) případů. To je sotva více než 1 z 1000 prevalence. Ve většině zemí je to méně než toto. Pro dobrý odhad byste tedy potřebovali obrovský vzorek. A tyto testy / zdroje jsou prozatím lépe nasazeny tam, kde jsou podezřelé případy.

A rozumné či ne, slyšel jsem to od kolegy a potvrzeno zpráva, že rumunské hlavní město Bukurešť plánuje náhodně otestovat vzorek 10 500 lidí, aby určil rozsah šíření viru tam.

Manažer institutu infekčních nemocí „Matei Bals“ Adrian Streinu-Cercel oznámila, že v Bukurešti bude zahájen pilotní projekt testování 10 500 osob na nový koronavirus v rámci vědecké studie zaměřené na detekci osob infikovaných virem SARS CoV-2 z touhy zabránit tak těžkým formám onemocnění.

Streinu-Cercel zdůraznila, že při nedostatečném screeningu mohou mírné formy zůstat nezjištěné, což může vést k následným formám závažných infekcí. Zmínil také, že ministr zdravotnictví tento projekt schválil, a zdůraznil, že se jedná o studii s „vědeckou hodnotou“, nikoli o jednoduché testování. Zároveň zmínil, že v Bukurešti je pozitivně diagnostikováno 188 osob.

Všimněte si, že ~ 200 případů ve 2M je 1:10 000.

Ha, ha , zábavnější je to, že se ukázalo jako „falešné zprávy!“ Ale ve skutečnosti je poučné číst „stažení / informace“ o tom, proč takovou studii vlastně nedělají [samozřejmě: nedostatečná testovací kapacita pro navrhovaný vzorek.]

Poté, co manažer Institut „Matei Bals“ pro infekční nemoci, Adrian Streinu-Cercel a starosta Bukurešti Gabriela Firea ve čtvrtek oznámili, že 10 514 lidí z 5 různých věkových skupin v Bukurešti bude testováno na nový koronavirus, reagoval premiér Ludovic Orban a řekl, že to není možné .

„Nemůžeme určit lidi, kteří mají být testováni náhodně. Výběr 10 000 jsou jen příběhy, existuje seznam priorit pro testování, záleží na tom, jak se situace a testovací kapacita vyvíjí, “řekl premiér na konferenci v ústředí ministerstva zdravotnictví.

Orban uvedl, že zdravotnický personál a osoby, na které se vztahují epidemiologická šetření, jsou způsobilé pro testování jako první, přičemž dodal, že „Rumunsko nebylo připraveno a kapacita testování byla omezena“.

Premiér uvedl, že „kapacita testování v Rumunsku zvýší až na 2 000 příští týden “a postupně poroste, ale vybrat 10 000 lidí„ jsou jen příběhy “, tím více je počet obětí v Rumunsku nízký.

Ve starších novinky Vidím, že Indie provedla náhodný test na 500 svých občanech. Spíše předvídatelně, všechny vyšly záporně.

A pro některé další oficiální námitky stejného druhu DW informoval 7. dubna...

Německé centrum pro kontrolu nemocí, institut Roberta Kocha, kritizovalo německé metody testování a stěžovalo si například na to, že bylo testováno příliš mnoho asymptomatických jedinců. RKI vyzvala k ukončení této praxe z toho důvodu, že Německu by mohlo hrozit, že dojdou testy . Asymptomatičtí lidé se proto v současné době k testování nedoporučují.

Mimochodem, pokud chcete zjistit, jaký je podíl asymptomatických případů, existují některé studie (i když na poměrně obsažných populace), které na to mohou mít odpověď, např jeden na Diamantové princezně (výletní loď v karanténě mimo Japonsko):

[Celkově:] Náš odhadovaný asymptomatický podíl je na 17,9% (95% CrI: 15,5–20,2%) , který se překrývá s nedávno odvozeným odhadem 33,3% (95% interval spolehlivosti: 8,3–58,3%) z údajů o japonských občanech evakuovaných z Wu-chanu.

[Upozornění:] Vzhledem k tomu, že většina cestujících byla 60 let a starších může povaha věkového rozložení vést k podcenění, pokud mají starší jedinci tendenci mít více příznaků.

Z 2. studie o Diamantové princezně, je informativní ke čtení strategie / objednávky testování:

Bylo provedeno celkem 3 063 testů PCR mezi [3 711] cestujícími a členy posádky. Testování začalo mezi staršími cestujícími sestupně podle věku.

Zajímavým kontrapunktem k pohledu poskytovatelů zdravotní péče je to, že se zdá, že ekonomové pevně souhlasí s potřebou náhodných testování (nebo lépe řečeno, podle některých komentářů, které tuto otázku opravily, testování reprezentativní pro populaci) za účelem kalibrace délky výluky z jejich pohledu, omezení „ekonomických škod“ způsobených samotnými výlukami.

Slyšel jsem, že italská žena v regionu, který byl nejhorší, zasáhla, že příliš důvěřují kontaktu s kolegy bez štítů a masek, takže jsou odpovědné za infikování všech pacientů, kteří zase infikovali návštěvníky. Bylo prokázáno ve vzduchu v 1 ze 3 testů použití toalety s virovými vzorky detekovanými na lopatkách stropního ventilátoru.
Hlasovalo pro kruhové uvažování.
@Fizz "Itálie má 60 milionů lidí a přibližně 70 tisíc (známých) případů. To je sotva více než 1 z 1 000 případů. Pro většinu zemí je to méně než toto. Pro dobrý odhad byste tedy potřebovali obrovský vzorek." To předpokládá výsledek náhodného testování, proto jde o kruhové uvažování. Základní logika.
@DrMcCleod: Váš „základní logický“ předpoklad, že test odhalí skutečnou předchozí pravděpodobnost, je bohužel běžný statistický klam. Viz http://journal.sjdm.org/12/12714/jdm12714.html a přečtěte si také odpověď cbeleites.
@Fizz Žádný takový nárok nepodávám. Poukazuji na to, že nemůžete argumentovat pro nebo proti testování na základě prevalence, protože to je věc, na kterou se testuje. Jediné prohlášení, které můžete udělat, je, že * pokud * je prevalence x, pak musí být specificita vašeho testu alespoň y.
@DrMcCleod: jediný způsob, jak získat požadovaný typ testu, je otestovat 100% populace! Cokoli menšího je vzorek a vytvoření správného vzorku vyžaduje předpoklady o (distribuci) nemoci / infekci, kterou skutečně chcete zjistit! Říkáte tomu „kruhové uvažování“, ale všichni ostatní tomu designu studie říkají.
@Fizz Hodnotu spolehlivosti vašeho testu odvodíte ze znalosti velikosti populace, kterou testujete, přesnosti vašeho testu a počtu vzorků, které odeberete. To je vše, co potřebujete.
@DrMcCleod Musíte také znát prevalenci, abyste mohli provést analýzu výkonu pro binární výsledek. To vám řekne, že počet lidí, které potřebujete odebrat, abyste získali přiměřený odhad, se zvyšuje, když je prevalence nízká. Uděláte to před provedením studie, abyste zjistili, zda je to vůbec možné. To je přesně argument, který Fizz dělá.
@BryanKrause: opravdu. Co bychom měli uzavřít z indické studie s nedostatečným výkonem na 500 [náhodných] lidech, z nichž nikdo neměl pozitivní výsledek? Že nikdo není infikován, takže není třeba žádné uzamčení ?! Cvičení pro DrMcCleod: vypočítat p-hodnotu pro indickou studii.
@Fizz ne, říká vám pravděpodobnou horní hranici pro celkový podíl infikovaných lidí.
cbeleites unhappy with SX
2020-03-26 06:13:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nedalo by nám to obrázek o podílu lidí, kteří mají virus?

Ano, ale: v tuto chvíli to ve většině případů pravděpodobně nestojí za to zemí.

  • Jak vysvětlil Fizz, testy jsou vzácné, takže je musíme použít tam, kde výsledek testu má vliv na léčbu a / nebo pro zvládnutí nemoci / zpomalení šíření.
  • Právě teď je vývoj počtu případů Covid-19 v mnoha zemích poměrně dynamický. Procento, které dnes zjistíme testováním, bude zastaralé, ne-li zítra, pak do konce týdne.
  • Abychom získali dobré odhady nízké prevalence, musíme otestovat velké množství lidí a potřebujeme testy, které mají vysokou citlivost i specificitu. Právě používané testy neprošly úplným ověřovacím postupem (abychom je měli k dispozici co nejdříve).

    Důsledkem toho je, že i když víme, že fungují dostatečně dobře, aby byly užitečné pro testování vysoce rizikových pacientů, např. u některých testů můžeme vědět, že citlivost je lepší než 94% a specificita je lepší než 97%. Pokud testujeme obecnou populaci s prevalencí 1 z 1000 pomocí testu s 97% specificitou, dostaneme asi 30 falešných pozitiv a 1 skutečně pozitivní (s 94% citlivostí). Jinými slovy, namísto měření prevalence infekcí SARS-CoV-2 v obecné populaci jsme měřili 1 - specificitu testu. Bohužel bychom to nevěděli.

Jako obecné pravidlo můžeme měřit prevalence, které jsou >> 1 - specifičnost testu. Pokud tedy očekáváme prevalenci 1: 1000, požádali bychom o test, který má specificitu alespoň 99,95% (s tím bychom pozorovali 1,5 pozitivního z 1000). Abychom věděli, že test má specificitu> 99,95%, museli bychom jej validovat alespoň s 10 000 skutečně negativními pacienty, z nichž by bylo třeba správně rozpoznat. Právě teď mohl být test validován se 100 negativními vzorky. Pokud si o tom chcete přečíst více informací, mám dlouhé odpovědi na Jak přesné jsou testy na koronaviry? a Proč jsou lidem s příznaky COVID-19 odepřeny testy v USA?


Sentinel Samples

I když teď nemáme takové náhodné schéma vzorkování z populace, máme něco, co jde do toho směr zde v Německu: vzorky z takzvaných ověřovacích praktik. Praktiky Sentinel jsou lékařské praktiky po celé zemi, které zasílají vzorky pacientů do centrální laboratoře, kde jsou analyzovány na množství virů jako součást sledování chřipky. Testované viry nyní zahrnují také SARS-CoV-2.

Tyto vzorky nejsou náhodným vzorkem populace, o kterou žádáte:

  • jsou odebírány pacientům, kteří se objeví u lékaře s akutním respiračním onemocněním,
  • a právě teď s dalším systematickým omezením, že se jedná o pacienty, u nichž se nepředpokládalo zvláště vysoké riziko výskytu Covid-19 (ti jsou odesíláni k testování SARS-CoV-2).

Ve 12. týdnu (16. - 22. března) byly 3 ze 193 sentinelových vzorků, které byly testovány na SARS-CoV-2, pozitivní. To je prevalence 1,6%, 95% interval spolehlivosti zhruba 0,4 - 4% (jinými slovy, máme řádově velikost).

Nemám informace o specificitě testu SARS-CoV-2 použitého pro sentinelové vzorky, ale publikovaná data vykazují dva týdny s 0 pozitivními mezi 191 + 229 = 420 vzorky, a pokud vezmeme ty jako skutečné negativy, specificita by byla lepší než 99%.


Očekávám, že studie budou provedeny, jakmile skončí první vlna Covid-19 a jakmile budou k dispozici řádně ověřené testy na protilátky. Na rozdíl od testů RNA nyní (které testují aktivní infekci) mohou testy protilátek říci, zda někdo měl takovou infekci nedávno (možná tak nedávno jako právě teď) nebo před nějakou dobou.

Požadavky na specificitu jsou stejné bez ohledu na to, zda jsou testovány RNA nebo protilátky.

Franck Dernoncourt
2020-03-26 20:02:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

proč si nevzít náhodný vzorek několika tisíc lidí a nevyzkoušet všechny, abyste zjistili, kolik z nich má virus?

Island to udělal, viz https://english.alarabiya.net/en/features/2020/03/25/Coronavirus-Iceland-s-mass-testing-finds-half-of-nosiče-show-no-symptomy :

Od nedělní noci testovaly zdravotní úřady v zemi a biotechnologická firma deCode Genetics více než 10 300 lidí. To nemusí znít jako velké množství ve srovnání s přibližně 350 000 Američany, kteří byli testováni na koronaviry podle projektu COVID Tracking Project, ale je to mnohem vyšší procento testů na obyvatele - poměr, který islandské úřady tvrdí, je nejvyšší v svět.

Nejde však jen o počty testovaných lidí, které jsou na přístupu Islandu neobvyklé.

Na rozdíl od jiných zemí, kde jsou lidé testováni, pouze pokud vykazují příznaky koronaviru nebo přišli do styku se známými rozmetači, země testuje tisíce lidí z běžné populace, kteří nevykazují žádné příznaky viru - což pomáhá odhalit informace o povaze patogenu a jeho příznacích.

Toto bylo také provedeno ve městě v Itálii:

V COVID-19 testovala populace Padovy v regionu Veneto a Červeného kříže populaci italské Vò, 3300 lidí, aby zjistili přirozenou historii viru, transmis dynamika a kategorie rizika. „podle profesora Sergia Romagnaniho zjistili >50 u těch, kteří měli pozitivní test, že jsou asymptomatičtí.“

Stejná otázka byla položena i v politice.SE: Byl proveden náhodný průzkum populace pro COVID-19?


Odkazy:

Hlasoval jsem pro vaši odpověď, i když to technicky neodpovídá na otázku * proč * jiné země to nedělají a / nebo jaké jsou [teoretické] argumenty * proti * náhodnému testování pro Covid-19, což byla skutečná otázka.
JonathanReez
2020-04-06 10:37:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dánsko to udělalo nedávno a zjistilo, že 2,7% Dánů žijících v regionu hlavního města již má protilátky proti této nemoci. Toto není samo o sobě randomizované, protože tyto vzorky pocházejí od lidí, kteří darují krev, ale zatím je to tak dobré, jak to jde.

Je třeba dodat, že v současnosti má Dánsko oficiálně 802 potvrzených případů na 1 milion lidí; což znamená 0,08%, což je opravdu zajímavé. Článek ale také uvádí, že * V regionu Střední Dánsko byla krev od 244 dárců testována mezi 2. a 3. dubnem a nebyly nalezeny žádné pozitivní testy. * Což samo o sobě není kompatibilní s přítomností 2,7% protilátek, pokud - a myslím to je příčina - šíření je nehomogenní a měli bychom tato čísla přepočítat na region hlavního města.
ok - německá wikipedia dává rozdělení na 5. dubna; https://de.wikipedia.org/wiki/COVID-19-Pandemie_in_D%C3%A4nemark; výskyt potvrzených případů v regionu hlavního města je 124 na 100 000, tedy 0,124%; stále zhruba 20krát nižší než výskyt (dárců krve) s protilátkami.
dárci krve jsou zdravá populace a jsou vybráni sami.
curiousdannii
2020-08-07 09:50:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jednou ze zkoumaných technik je testování odpadních vod / kanalizace na RNA z viru SARS-CoV2. To vám nepomůže zjistit, kdo má virus, ale mohlo by to informovat město, které virus dříve odstranilo, že někdo virus znovu přinesl.

Vladimir F
2020-04-15 19:17:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

It is being done. The Czech Republic is currently preparing such a study }to begin on the 20th April) to find out the number of asymptomatic patients to better predict the future evolution of the number of infected people. A bit older source in English https://news.expats.cz/coronavirus-in-the-czech-republic/czech-covid-19-central-control-team-plans-blanket-testing-in-sample-of-prague-population/ Much more updated information exists in Czech https://www.seznamzpravy.cz/clanek/prazdniny-podle-prymuly-v-ceskem-hotelu-s-vylety-po-hradech-a-bez-festivalu-99893

"Testování vzorku 17 tisíc lidí v České republice na protilátky proti koronaviru začne v pondělí 20. dubna, do dalšího pondělí budeme znát výsledky." "Testing of the sample of 17 thousand people in the Czech Republic for antigens against coronavirus will begin on Monday 20th April. By the next Monday we will know the results."



Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 4.0, pod kterou je distribuován.
Loading...